Mit 1:44,591 Minuten setzte David Salvador (Cuna de Campeones) im ersten Qualifikationstraining eine Marke, an die keiner seiner 33 Konkurrenten herankommen sollte. Vor seinem spanischen Landsmann Pedro Acosta (MT-Foundation77) und dem Brasilianer Diogo Moreira (Estrella Galicia 0,0 JT). Für den Deutschen Dirk Geiger (Cuna Prüstel GP) reichte es mit einem Rückstand von 1,911 Sekunden unter 34 Fahrern nur zu Startplatz 27. Geiger, der gut ins Rennen startete und nach der ersten von 17 Runden an der 21. Stelle bei Start und Ziel vorbeikam, endete der erste Lauf der Moto3-Juniorenweltmeisterschaft 2020 unglücklich. Schon in der zweiten Runde wurde der Prüstel-KTM-Fahrer in einen Zwischenfall mit Alex Diez Rodriguez verwickelt, bei dem beide zu Sturz kamen. An der Spitze entwickelte sich auf dem 4,1 Kilometer langen Circuito do Estoril die erwartete Windschattenschlacht, bei der sich mit Acosta, Gerard Riu, Xavier Artigas, Adrian Fernandez, Jose Julian Garcia, Salvador und Daniel Holgado Miral sieben Piloten unter ständigen Positionswechseln vom Rest des Feldes absetzen konnten. Riu (AGR Team) verabschiedete sich mit einem Sturz in der Schikane aus dem Kampf um den Sieg. Der junge Spanier konnte das Rennen an der 14. Stelle wieder aufnehmen. Am Ende sollte es für den Spanier noch zu Platz 11 und damit fünf WM-Zählern reichen. Vier Runden vor der Zielflagge trennte die Top-7 – der Brite Max Cook vom British Talent Team konnte die Lücke zur Spitze schließen – nicht einmal eine Sekunde. Im Kampf um Rang 8 schenkten sich der Izan Guevara sowie die beiden Japaner Kazuki Masaki und Takuma Matsuyama keinen Zentimeter auf der Strecke an der portugiesischen Atlantikküste. Mit einem Vorsprung von 0,398 Sekunden ging Acosta in den letzten Umlauf. Bis zur Schikane sah alles nach einem Sieg des MT-Foundation77-Piloten aus, doch Artigas (Leopard Impala Junior) konnte im letzten Abschnitt entscheidend aufholen. Mit einem Vorsprung von drei Tausendstelsekunden preschte er nach 75,3 Rennkilometern über den Zielstrich. Den dritten Platz ging an Adrian Fernandez (Laglisse Academy) vor Jose Julian Garcia (Sic58 Squadra Corse), Daniel Holgado Miral (Openbank Aspar Team), David Salvador und Max Cook. Izan Guevara (Openbank Aspar Team), Takuma Matsuyama (Asia Talent Team) und Kazuki Masaki (Laglisse Academy) vervollständigten die Top-10.