In der Nacht hatte es heftig über Monza geschüttet, bei kühlen Asphalttemperaturen von nur 10 Grad Celsius waren zu Beginn des zweiten Qualifying nur wenige trockene Stellen auf der schnellen Rennstrecke zu sehen. So viel war klar: An den Zeiten vom ersten Qualifying würde so schnell niemand herankommen. Entsprechend wenige Runden wurden gefahren, zeitweise war nicht ein Motorrad auf der Strecke. In den letzten Minuten des zweiten Qualifyings gab es dann doch ein paar Zeitenverbesserungen, die aber vornehmlich am unteren Ende der Zeitenliste. Durch den Startverzicht von Ducati-Pilot Carlos Checa (Schulterprobleme) wurde ein weiterer Platz in der Superpole frei: Lundh-Ersatz Fabrizio Lai verbesserte sich auf P13 – und verwies damit Max Neukirchner (D/Ducati) auf Position 14. Die letzte Eintrittskarte für die Superpole am Nachmittag sicherte sich der zweite Pedercini-Pilot Federico Sandi (I). Nicht dabei sein werden Mark Aitchison (AUS/Ducati), Kosuoke Akiyoshi (J/Honda) und Vittorio Iannuzzo (I/BMW). Eugene Laverty (IRL/Aprilia), am Freitag überraschend nur Siebter, steigerte sich um 0,4 sec und machte damit zwei Positionen gut. BMW-Pilot Chaz Davies (GB), der im ersten Qualifying sein Bike nach nur 15 Minuten komplett zerstörte, tauschte mit Ayrton Badovini (I/Ducati) die Positionen und wurde Elfter.