Das Superpole-Format der Supersport-WM entspricht einem 20-minütigen Qualifying. Den Piloten steht zwar nach wie vor kein Qualifyer-Reifen zur Verfügung, in Misano führt Pirelli in der 600er Kategorie aber den super-weichen SCX-Reifen ein. Zum Einsatz kommen daher für gewöhnlich die weicheste Variante der Rennreifen, die in den letzten Minuten für die Zeitenjagd verwendet werden. Mit konstant schnellen Zeiten überzeugte Manuel Gonzalez (Yamaha) in den freien Trainings, der in 1:38,473 min für die schnellste Rundenzeit sorgte. Auch WM-Leader Steven Odendaal und Dominique Aegerter mischten vorne mit. Allerdings sind die Zeiten dicht beieinander, die Top-20 liegen innerhalb nur einer Sekunde. Der Ausgang der Superpole daher völlig offen. Den Pole-Rekord stellte GMT94-Pilot Jules Cluzel im Jahr 2015 in 1:37,482 min mit einer MV Agusta F3 auf. Weil im vergangenen Jahr eine neue und sehr griffige Asphaltdecke aufgebracht wurde, war ein neuer Rekord im Bereich des möglichen. Bereits nach fünf Minuten wurde von Dominique Aegerter in 1:38,202 min die schnellste Zeit des Wochenendes gefahren, mit Niki Tuuli gab es jedoch auch bereits das erste Sturzopfer. Der schnelle Finne konnte nach einer Blitzreparatur zwar wieder auf die Strecke gehen, stürzte aber erneut. Ten Kate-Ass Aegerter steigerte sich weiter und führte bei Halbzeit in 1:38,187 min vor Odendaal, Gaststarter Filipo Fuligni, Philipp Öttl (Kawasaki) und Randy Krummenacher die Zeitenliste an. Auf der Rechnung musste man aber auch Cluzel haben, der mit 0,7 sec Rückstand bisher nur auf Platz 13 liegt. Sieben Minuten vor dem Ende ließen sich die Piloten für den finalen Angriff auf die Pole einen neuen Hinterreifen montieren, Den Anfang machte Gonzalez, der in 1:37,861 min die erste Rundenzeit unter 1:38 min fuhr und mit 0,3 sec vor Aegerter die Führung in der Zeitenliste übernahm. Hannes Soomer platzierte seine Yamaha nur 2/1000 sec hinter dem Spanier, Öttl fuhr mit nur 80/1000 sec Rückstand auf Platz 3 in die provisorische erste Startreihe – aber noch waren drei Minuten zu fahren! Dann preschte Lokalmatador Luca Bernardi (Yamaha) in 1:37,739 min an die Spitze. Den Schlusspunkt setzte Aegerter, der sich in 1:37,726 min seine erste Pole-Position in der seriennahen Meisterschaft sicherte. Die erste Startreihe komplettieren Bernardi und Gonzalez. In der zweiten Startreihe lauern Cluzel, Soomer und Odendaal. Kawasaki-Aushängeschild Philipp Öttl (7.) und Randy Krummenacher (8./Yamaha) stehen nebeneinander in der dritten Startreihe.