Das Superpole-Format der Supersport-WM entspricht einem 20-minütigen Qualifying. Den Piloten steht zwar nach wie vor kein Qualifyer-Reifen zur Verfügung, in Misano führte Pirelli in der 600er Kategorie aber den superweichen SCX-Reifen ein, der für gewöhnlich in den letzten Minuten für die Zeitenjagd verwendet wird. Mit schnellen Zeiten überzeugte am Freitag im FP1 Manuel Gonzalez (Yamaha), der in 1:41,181 min für die schnellste Rundenzeit sorgte. Im heißeren FP2 dominierte wiederum WM-Leader Dominique Aegerter, der in 1:41,197 min fast 0,6 sec schneller war als der Rest. Die erste ernstzunehmende Rundenzeit legte Gonzalez in 1:41,211 min bereits in den ersten Minuten vor. Anschließend fuhr der Yamaha-Pilot in 1:40,766 min die erste Zeit unter 1:41 min. Mit schnellen Rundenzeiten ging es Schlag auf Schlag weiter: Zuerst stürmte Philipp Öttl (Kawasaki) an die Spitze, dann Jules Cluzel (GMT94 Yamaha) und Aegerter, der bei Halbzeit in 1:40,535 min die Zeitenliste anführte. Vor der finalen Zeitenjagd führte Aegerter vor Cluzel, Gonzalez, Öttl, Steven Odendaal und Niki Tuuli (MV Agusta). Randy Krummenacher (EAB) auf Platz 8, Marcel Brenner (VFT) solide auf der 15. Position. Drei Minuten vor dem Ende ging Gonzalez als Erster der Top-Piloten mit einem frischen Reifen auf die Piste, verpasste die Zeit des Schweizers aber um 0,013 sec. Auch andere Piloten glänzten mit Sektorbestzeiten, doch nur Aegerter brachte in 1:39,924 min eine Traumrunde zu Stande! Mit 0,6 sec Vorsprung auf Gonzalez, Odendaal und Cluzel sicherte sich Aegerter die Pole für die beiden Supersport-Rennen. Kawasaki-Aushängeschild Phillip Öttl büßte als Siebter 0,8 sec ein, Randy Krummenacher als Elfter bereits 1,3 sec. Sehr ordentlich schlug sich Marcel Brennen als 14.