Bereits im ersten Qualifikationstraining markierte der Italiener Franco Morbidelli eine Zeit, an die keiner seiner Konkurrenten herankommen sollte. Mit 2:03,907 Minuten blieb das MotoGP-Ass als Einziger unter der 2:04-Minuten-Marke. Auch seine Teamkollegen bei Sepang Yamaha enttäuschten nicht. Der Lokalmatador Hafizh Syahrin und der Niederländer Michael van der Mark waren in ihren Gruppen die dominierenden Erscheinungen. Hinter Honda F.C.C. TSR Honda France (Josh Hook, Freddy Foray, Mike di Meglio) schafften YART Yamaha (Broc Parkes, Niccolò Canepa) und BMW Motorrad World Endurance (Ilya Mykalchyk, Markus Reiterberger) vor dem Top-10-Trial, in dem am Nachmittag die besten zehn Startplätze ermittelt werden, die Ränge 3 und 4. Beiden Mannschaften mussten einen Ausfall hinnehmen. Sowohl Yamaha-Pilot Marvin Fritz, als auch BMW-Fahrer Kenny Foray verletzten sich bei Stürzen und fallen für das Rennen aus. Einmal mehr wussten der Deutsche Florian Alt, der Franzose Florian Marino und der Belgier Xavier Simeon (VRD Igol Pierret Experiences) zu überzeugen. Die französische Mannschaft konnte den Titelverteidiger Webike SRC Kawasaki France (Jérémy Guarnoni, Erwan Nigon, David Checa), die ERC Racing (Ondrej Jezek, Randy de Puniet, Louis Rossi), Wójcik Racing (Gino Rea, Christoffer Bergman, Axel Maurel) auf den vorläufigen sechsten Platz verweisen. Der Rekord-Weltmeister und derzeit Führender in der Langstrecken-Weltmeisterschaft 2019/2020, das Team Suzuki Endurance mit Vincent Philippe, Etienne Masson und Gregg Black, vermochte sich als Elfter nicht für das Top-10-Trial zu qualifizieren. Als schnellstes Team in der seriennahen Klasse erwies sich die japanische Equipe Tone RT Syncedge 4413 BMW (Tomoya Hoshino, Kokoro Atsumi, Takeshi Ishizuka) als Zwölfte unmittelbar vor den Führenden im FIM World Cup, Moto AIN (Roberto Rolfo, Robin Mulhauser, Hugo Clére), und dem German Endurance Racing Team 56 by GS Yuasa mit dem Österreicher Stefan Kerschbaumer, der Deutschen Lucy Glöckner und dem Niederländer Pepijn Bijsterboch, die Platz 19 in der Startaufstellung einnehmen werden. Qualifying 1. Yamaha Sepang (Morbidelli, Syahrin, van der Mark), Yamaha YZF-R1, 2:04,429 min. 2. F.C.C. TSR Honda France (Hook, F. Foray, di Meglio), Honda CBR1000RR, 2:05,146. 3. YART Yamaha, (Parkes, Canepa), Yamaha YZF-R1, 2:05,830. 4. BMW Motorrad World Endurance (Mykalchyk, Reiterberger), BMW S1000RR, 2:05,944. 6. VRD Igol Pierret Experiences (Alt, Marino, Simeon), Yamaha YZF-R1, 2:06,102. 7. Webike SRC Kawasaki France (Guarnoni, Nigon, Checa), Kawasaki ZX-10R, 2:06,133. 8. ERC Racing (Jezek, de Puniet, Rossi), Ducati Panigale V4R, 2:06,293. Ferner: 11. Suzuki Endurance (Philippe, Masson, Black), Suzuki GSX-R1000, 2:7,442. 17. Bolliger Switzerland (Stamm, Suchet, Walraven), Kawasaki ZX-10R, 2:08,548. 19. GERT56 by GS Yuasa (Kerschbaumer, Glöckner, Bijsterbosch), BMW S1000RR, 2:08,602. 23. No Limits Motor (Scassa, Kemmer, Vitali), Suzuki GSX-R1000, 2:09,098. 32. Moto Tech EWC (Fastré, Buchner, Godfrey), Yamaha YZF-R1, 2:10,611. 33. LRP Poland (Vincon, Bühn, Lewandowski), BMW S1000RR, 2:10,671. 36. HRT 100 - Hertrampf Racing Endurance (Nekvasil, Bos, Friedrich), Ducati Panigale V4R, 2:11,409. 37. Bertl K Racing (Thöni, Valtonen, Walchhütter), BMW S1000RR, 2:11,508. 40. Motobox Kremer (Dehaye, Ströhein, Ortiz), Yamaha YZF-R1, 2:11,917.