Leopard-Honda-Pilot Tatsuki Suzuki ging zunächst von der Pole-Position in Führung, aber in nur einer Runde arbeitete sich WM-Leader Izan Guevara aus dem GASGAS Aspar Team von Startplatz 9 auf Platz 1 nach vorne. Husqvarna-Werksfahrer Ayumu Sasaki und das Leopard-Duo Foggia und Sasaki gingen mit, der-WM-Zweite Sergio Garcia dagegen verlor nach wenigen Runden den Anschluss an das Quartett. Suzuki stürzte dann auf Rang 4 liegend in der fünften Runde in Kurve 9. In der vorangegangenen Runde war Rookie Dani Holgado aus dem Red Bull KTM Ajo Team, der in Aragón seinen ersten Podestplatz gefeiert hatte, schon vor derselben Kurve gestürzt. Sie waren in guter Gesellschaft: Zehn Fahrer stürzten allein in den ersten sieben Runden. Zur Halbzeit des 20-Runden-Rennens lag wieder ein Quartett vorne, weil Ajo-Routinier Jaume Masia die Lücke geschlossen hatte. Den Großteil der Führungsarbeit leisteten Ayumu Sasaki und Izan Guevara, während sich Masia in der 13. Runde vor Foggia setzte. Als die finalen fünf Runden anbrachen, übernahm Guevara das Kommando und profitierte von den Positionskämpfen hinter ihm. Denn Masia schob sich an Sasaki vorbei auf Platz 2 und die Tür blieb auch für Foggia offen. Masia flog dann allerdings in Kurve 12 vier Runden vor Schluss hart per Highsider ab. Dennis Foggia konnte im Finish keinen Angriff auf Izan Guevara mehr starten, der unbeeindruckt von einem schweren Crash im Warm-up, als er mit John McPhee kollidiert war, seinen fünften Saisonsieg einfuhr. Hinter Foggia sorgte Sasaki für den ersten Podestplatz eines Japaners auf heimischem Boden seit Hiroshi Aoyama im Jahr 2009. In der zweiten Vierergruppe eroberte Garcia einen vor allem gegen Rookie David Muñoz hart umkämpften vierten Platz, sein Rückstand in der WM-Tabelle wuchs fünf Rennen vor Schluss dennoch auf 45 Punkte an. Moto3-Ergebnis, Motegi (25. September): 1. Guevara, GASGAS, 20 Rdn in 39:26,526 min 2. Foggia, Honda, + 0,593 sec 3. Sasaki, Husqvarna, + 1,741 4. Garcia, GASGAS, + 9,338 5. Muñoz, KTM, + 9,414 6. Moreira, KTM, + 9,743 7. McPhee, Husqvarna, + 9,815 8. Yamanaka, KTM, + 15,490 9. Migno, Honda, + 15,573 10. Riccardo Rossi, Honda, + 15,678 11. Artigas, CFMOTO, + 22,023 12. Nepa, KTM, + 22,656 13. Ortolá, KTM, + 22,914 14. Furusato, Honda, + 24,419 15. Deniz Öncü, KTM, + 30,368 Moto3-WM-Stand (nach 16 von 20 Rennen): 1. Guevara 254 Punkte. 2. García 209. 3. Foggia 191. 4. Sasaki 174. 5. Masia 155. 6. Deniz Öncü 154. 7. Suzuki 128. 8. Migno 91. 9. Holgado 83. 10. Tatay 77. 11. Artigas 74. 12. Moreira 74. 13. Yamanaka 73. 14. Muñoz 72. 15. Riccardo Rossi 65. 16. Toba 63. 17. McPhee 62. 18. Ortolá 59. 19. Nepa 40. 20. Adrián Fernández 40. 21. Bartolini 24. 22. Kelso 24. 23. Ogden 20. 24. Bertelle 16. 25. Fellon 11. 26. Aji 5. 27. Furusato 2. Konstrukteurs-WM: 1. GASGAS 312 Punkte. 2. Honda 275. 3. KTM 257. 4. Husqvarna 210. 5. CFMOTO 115. Team-WM: 1. GASGAS Aspar Team 463 Punkte. 2. Leopard Racing 319. 3. Red Bull KTM Ajo 238. 4. Sterilgarda Husqvarna Max Racing 236. 5. Red Bull KTM Tech3, 194. 6. CFMOTO Racing PrüstelGP 151. 7. MT Helmets – MSI 147. 8. Angeluss MTA Team 99. 9. Rivacold Snipers 91. 10. CIP Green Power 87. 11. SIC58 Squadra Corse 76. 12. BOE Motorsports 72. 13. QJMotor Avintia Racing 40. 14. Vision Track Racing Team 20. 15. Honda Team Asia 7.