Die Startaufstellung des zweiten Laufs hatte sich durch das Superpole-Race auf dem Most Circuit nicht entscheidend geändert. Von der Pole-Position startete zum dritten Mal Toprak Razgatlioglu (BMW) vor Nicolò Bulega (Ducati) und Danilo Petrucci (Ducati). Álvaro Bautista (Ducati) rückte auf Position 4 nach vorn. Weil es Dominique Aegerter (Yamaha) nicht in die Top-9 schaffte, blieb es für den Schweizer bei Startplatz 19. Bei Rennstart um 14 Uhr Ortszeit herrschten kühle 16 Grad Celsius und dunkler Wolken zogen bedrohlich über das Autodrom Most – glücklicherweise blieb es trocken. Bulega gewann den Start und führte das Feld in die erste Runde, doch in der Schikane ging es turbulent zu. Rea bremste spät in die erste Kurve neben Bautista, der beim Einbiegen den Yamaha-Piloten berührte und stürzte; Xavi Vierge (Honda) kam ebenfalls zu Fall. Als Auslöser wurde Rea zu einer doppelten Long-Lap verdonnert – der Rekordweltmeister wurde am Ende 13. Derweil machten sich vorn Bulega und Razgatlioglu aus dem Staub. Die beiden derzeit besten Superbike-Piloten fuhren pro Runde bis zu einer Sekunde schneller als der Rest. Nach acht Runden folgte Sam Lowes (Ducati) als erster Verfolger mit 6,7 sec Rückstand; drei Runden später waren es bereits über 9 sec. In der zwölften Runden begnügte sich Razgatlioglu nicht mehr mit dem Hinterherfahren und schnappte sich in Kurve 13 die Führung. Aber Bulega konterte postwendend und für zwei Runden ging es hin und her. Dann überraschte der BMW-Pilot den WM-Leader in Kurve 2 und setzte sich um einige Meter von ihm ab. Bis zur letzten Runde führte Razgatlioglu das Rennen an, aber Bulega hielt mit tapfer mit und zog aus der Zielkurve aus dem Windschatten heraus und holte sich um 0,027 sec den Sieg. Razgatlioglu war die Enttäuschung über Platz 2 anzusehen. Bedenklich der Rückstand der Verfolger. Danilo Petrucci – zum dritten Mal Dritter – büßte 16 sec auf das Duo an der Spitze ein! Nur 0,2 sec hinter Petrucci kreuzte Sam Lowes (Ducati) als guter Vierter die Ziellinie. Remy Gardner hielt als Fünfter die Yamaha-Flagge hoch. Platz 7 ging an Bimota-Pilot Axel Bassani. Iker Lecuona brachte die einzige Honda auf der siebten Position nach Hause. Dominique Aegerter fand zunächst schwer ins Rennen, kam in der zweiten Rennhälfte aber immer besser in Schwung und machte mehrere Positionen gut. Als Elfter endete das schwierige Rennwochenende in Tschechien für den Yamaha-Piloten versöhnlich. So lief das Rennen: Start: Bulega vor Razgatlioglu und Sam Lowes in die erste Kurve. Dann Petrucci, Rea und Locatelli. Sturz von Bautista und Vierge in der Schikane. Runde 1: Bulega um 0,4 sec vor Razgatlioglu. Lowes, Petrucci und Rea haben bereits über eine Sekunde Rückstand. Lecuona Achter, Bassani Neunter. Aegerter auf 17. Runde 2: Razgatlioglu verkürzt in 1:30,379 min geringfügig. Runde 3: Bulega und Razgatlioglu schon 2,5 sec vor Lowes. Gardner vorbei an Locatelli auf Platz 6. Runde 4: Nur die Top-2 fahren unter 1:30 min. Rea erhält eine doppelte Long-Lap-Strafe als Auslöser für den Bautista-Sturz. Sturz Mackenzie. Runde 5: Sam Lowes (3.) bereits 4,2 sec zurück, dahinter Petrucci. Bassani, Gardner und Locatelli kämpfen um Platz 6. Aegerter auf 15. Runde 6: Razgatlioglu (2.) beschränkt sich aufs Hinterherfahren. Runde 7: Rea absolviert seine erste Long-Lap und reiht sich auf Platz 8 wieder ein. Runde 8: Die Top-5 unverändert. Lecuona vorbei an Rea auf Platz 8. Rea fällt nach der zweiten Long-Lap auf Platz 12 zurück. Runde 9: Bulega 0,2 sec vor Razgatlioglu. Lowes gerät zunehmend unter Druck von Petrucci. Bassani (5.) und Gardner (6.) haben Locatelli abgeschüttelt. Runde 10: Razgatlioglu scheint ungeduldiger zu werden. Aegerter vorbei an Sofuoglu und Redding auf Platz 13. Runde 11: Die Top-2 jetzt 8 sec vor Lowes und Petrucci. Locatelli, Lecuona kämpfen um Platz 7. Runde 12: Razgatlioglu holt sich die Führung, aber Bulega liegt am Bremspunkt der ersten Kurve wieder vorn. Runde 13: In Kurve 2 holt sich Razgatlioglu für Bulega überraschend die Führung. Runde 14: Razgatlioglu 0,4 sec vor Bulega. Petrucci schnappt sich Platz 3 von Sam Lowes. Runde 15: Petrucci (3.) elf Sekunden hinter der Spitze. Lecuona hat sich auf Platz 7 durchgesetzt. Aegerter hat sich Platz 12 von Rea geschnappt. Runde 16: Sam Lowes hat sich nicht mit Platz 4 abgefunden und folgt Petrucci wie ein Schatten. Rabat gibt das Rennen in der Box auf. Runde 17: Razgatlioglu 0,8 sec vor Bulega. Runde 18: Aegerter vorbei an van der Mark auf die elfte Position – unmittelbar vor ihm fährt Garrett Gerloff (Kawasaki). Runde 19: Bulega fährt wieder an Razgatlioglu heran. Zaqhwan Zaidi (Honda) gibt das Rennen auf. Runde 20: Bulega und Razgatlioglu nebeneinander über die Linie. Van der Mark verliert drei Positionen und ist nur noch 14. Runde 21: Razgatlioglu 0,2 sec vor Bulega. Petrucci und Lowes kämpfen weiter um Platz 3. Letzte Runde: Im Sprint zur Linie holt sich Bulega den Sieg. Razgatlioglu Zweiter, Petrucci Dritter.